پالايشگاه تهران در طول جنگ دو بار مورد حمله هوايي قرار گرفت.

 به گزارش آژانس رویدادهای مهم نفت و انرژی"نفت ما "،   در حمله اول، بخش تقطير شماره 2 به‌شدت آسيب ديد و كوره ديگ بخار آن كاملاً منهدم شد. يكي از دو برج خنك‌كننده نيز به ‌طور كلي از بين رفت.
در دومين حمله هوايي كه يك سال بعد به وقوع پيوست، خسارت‌هاي عمده به واحد اصلي خطوط‌لوله وارد آمد؛ دو مخزن صدهزار بشكه‌اي در همان محدوده منهدم شد.
پالايشگاه آبادان خسارت‌هاي متوسط تا شديدي را در بخش‌هاي عمده خود متحمل شد. دو بخش توليد و ذخيره‌سازي زير حملات مكرر عراق قرار داشت.
اين پالايشگاه بيش از 8 سال بدون فعاليت باقي ماند. سال‌ها وقت نياز بود تا پالايشگاه آبادان با بهره‌برداري از تمام واحدهاي توليد ثانوي، دوباره بازسازي شود.
دولت، زيان توليد ناشي از آسيب اين پالايشگاه را طي 8 سال، بيش از 700 ميليون بشكه به ارزش تقريبي 27 ميليارد دلار تخمين زده بود.