آغاز بازسازی در دو پالایشگاه بزرگ کشور، یعنی تهران و آبادان. پالایشگاه تهران در طول جنگ دو بار مورد حمله هوایی قرار گرفت.
به گزارش آژانس رویدادهای مهم نفت و انرژی " نفت ما " ، در حمله اول، بخش تقطیر شماره 2 به‌شدت آسیب دید و کوره دیگ بخار آن کاملاً منهدم شد. یکی از دو برج خنک‌کننده نیز به طور کلی از بین رفت. در دومین حمله هوایی که یک سال بعد به وقوع پیوست، خسارت‌های عمده به واحد اصلی خطوط‌لوله وارد آمد؛ دو مخزن صدهزار بشکه‌ای در همان محدوده منهدم شد. پالایشگاه آبادان خسارت‌های متوسط تا شدیدی را در بخش‌های عمده خود متحمل شد.
دو بخش تولید و ذخیره‌سازی زیر حملات مکرر عراق قرار داشت. این پالایشگاه بیش از 8 سال بدون فعالیت باقی ماند. سال‌ها وقت نیاز بود تا پالایشگاه آبادان با بهره‌برداری از تمام واحدهای تولید ثانوی، دوباره بازسازی شود. دولت، زیان تولید ناشی از آسیب این پالایشگاه را طی 8 سال، بیش از 700 میلیون بشکه به ارزش تقریبی 27 میلیارد دلار تخمین زده بود.
